Historycznie, aż do czasów nowożytnych, przez filozofię przyrody rozumiano ogólnie refleksję nad światem fizykalnym, tworzącą ogół nauk przyrodniczych. Współcześnie filozofia przyrody jest często określana jako refleksja filozoficzna dotycząca świata materialnego. Wykracza ona poza zakres badań nauk przyrodniczych ze względu na niemożliwość zastosowania w niej właściwych tym naukom metod. Tak rozumiana filozofia przyrody bywa pojmowana różnorodnie. Na terenie koncepcji klasycznej filozofia przyrody najczęściej jest określana jako filozofia bytu cielesnego lub bytu podlegającego ruchowi i traktowana bądź jako wyspecjalizowany dział metafizyki, bądź jako odrębna nauka filozoficzna. 

Filozofia przyrody bada byt materialny jako byt zmienny (jednak nie w najszerszym rozumieniu zmienności) w jego strukturze i uwarunkowaniach kategorialnie (nie zaś transcendentalnie) bytowych. Przedmiotem zainteresowania filozofii przyrody jest więc byt materialny realnie istniejący w obrębie przyrody, czyli byt w strumieniu czasu. Zadaniem filozofii przyrody jest konstruowanie lub stosowanie teorii tłumaczącej podstawową strukturę ciał materialnych ożywionych i nieożywionych. Filozofia przyrody jest więc samodzielną dyscypliną filozoficzną, różnorako powiązaną z naukami przyrodniczymi oraz filozoficznymi (zwłaszcza z metafizyką). Powiązanie z naukami przyrodniczymi przejawia się w tym, że najpierw należy ustalić fakty odnoszące się do badanego zagadnienia. W tym zakresie pomocne okazują się być wyniki nauk przyrodniczych. Stanowią one bowiem pewien zasób informacji o otaczającym nas świecie. Na tych informacjach jest następnie nadbudowywana refleksja filozoficzna. Aby uzyskać tezy filozoficzne, konieczne jest wykorzystanie pewnych założeń metafizycznych (np. realizm metafizyczny i teoriopoznawczy).    

    Możliwe są także inne sposoby rozumienia filozofii przyrody. Sposób pojmowania filozofii przyrody zależy od przyjmowanych koncepcji filozofii (zwłaszcza określonego rozumienia metafizyki), przyrodoznawstwa oraz od ogólnej orientacji epistemologicznej danego autora czy szkoły, którą on reprezentuje.

1.    Filozofia przyrody jako nauka „na początku” („Wissenschaft am Anfang”)

    Jest to koncepcja umotywowana do pewnego stopnia historycznie, która znajduje swoje uzasadnienie w procesie powstawania i stopniowego uniezależniania się nauk przyrodniczych od filozofii. W ujęciu tym traktuje się filozofię przyrody jako „zasobnik” dla problemów, zagadnień, pojęć z zakresu nauk przyrodniczych. Problemy, których nie umiały rozwiązać nauki szczegółowe (np. z powodu braku dostatecznego rozwoju nauk przyrodniczych), były początkowo stawiane i rozpatrywane w filozofii przyrody (przykładowo: zagadnienie budowy ciał materialnych, kwestie dotyczące natury czasu i przestrzeni). Następnie, dzięki rozwojowi przyrodoznawstwa, zostały przejęte przez nauki przyrodnicze. Cel i zadanie filozofii przyrody są więc zawężone do podejmowania zagadnień nie rozważanych jeszcze w ramach przyrodoznawstwa. W ten sposób filozofia przyrody staje się spekulatywną częścią nauk przyrodniczych, będącą wstępem do poznania przyrody, rozwijanego później przez nauki szczegółowe.

2.    Filozofia przyrody jako refleksja nad wynikami nauk przyrodniczych

    Zadaniem filozofii przyrody ma być refleksja nad wynikami nauk przyrodniczych. Z kolei kresem tej refleksji ma być potraktowanie wyników nauk przyrodniczych jako punktu wyjścia dla refleksji ściśle filozoficznej.

3.    Filozofia przyrody jako synteza bądź uogólnienie wyników nauk przyrodniczych
(empiryczna fenomenologia przyrody)

    Według tej koncepcji, zadaniem filozofii przyrody jest dążenie do stworzenia syntezy wyników uzyskiwanych przez poszczególne dziedziny przyrodoznawstwa. Synteza wyników nauk przyrodniczych daje – w przeciwieństwie do poszczególnych dyscyplin, które posiadają charakter fragmentaryczny – ogólny obraz świata. Zaspokaja ona właściwą człowiekowi potrzebę całościowego spojrzenia na świat materialny. Same nauki przyrodnicze, z racji swego analitycznego charakteru, nie mogą stworzyć takiej całościowej wizji. Filozofia przyrody stanowi więc ich konieczne i nieodzowne dopełnienie. Należy jednak podkreślić, że nauki przyrodnicze same mogą dokonywać syntez czy uogólnień swoich wyników. Powstają bowiem teorie z pogranicza dwóch, czy kilku różnych dyscyplin. Tworzy się także pewne ogólne schematy pojęciowe lub teorie (np. teoria systemów, podstawowe teorie fizyki). Filozofia przyrody nie różniłaby się więc od tego typu teorii. Jeżeli jednak postulowana synteza nie ma być jedynie encyklopedycznym zestawieniem teorii przyrodniczych (w pewnej fazie ich rozwoju), to tak pojęta filozofia przyrody powinna przekroczyć te teorie dokonując wyboru jakiejś idei przewodniej, chociażby zaczerpniętej z nauk przyrodniczych, lecz ekstrapolowanej  na całość przyrody.    

    4.    Filozofia przyrody jako filozofia przyrodoznawstwa
(filozofia nauk przyrodniczych – „philosophy of science”)

    Filozofia przyrody pojmowana jako filozofia nauk przyrodniczych zajmuje się analizą pojęć, twierdzeń, metod badawczych, sposobów dochodzenia do twierdzeń, sposobów ich uzasadniania, weryfikowania, falsyfikowania stosowanych w ramach nauk przyrodniczych. Jest to stanowisko głoszone przede wszystkim przez neopozytywistów, którzy zanegowali sensowność uprawiania filozoficznej refleksji nad światem materialnym. Ich zdaniem, wszystko o przyrodzie mogą powiedzieć nauki przyrodnicze. Nie ma więc miejsca na autonomiczną dyscyplinę filozoficzną badającą naturę rzeczywistości. W tym rozumieniu filozofia przyrody staje się metanauką, której głównym celem jest badanie teorii przyrodniczych, a nie samej rzeczywistości materialnej. Można w niej wyróżnić epistemologię nauk przyrodniczych i metodologię nauk przyrodniczych.
    Właściwą dziedziną refleksji nad przyrodą, podejmowaną w ramach filozofii przyrody, jest analiza metod stosowanych w naukach przyrodniczych. Może być ona dwojakiego rodzaju: filozoficzna (transcendentalna) oraz logiczna.

5.    Filozofia przyrody jako „filozofia w nauce”
(system problemów filozoficznych istniejących w naukach przyrodniczych)

    „Filozofia w nauce” oznacza uprawianie filozofii w kontekście nauki, jej współczesnych osiągnięć i aktualnego stanu metodologicznego. W koncepcji tej chodzi o wykrywanie i analizowanie autentycznie filozoficznych zagadnień uwikłanych w problematykę naukową. Uważa się bowiem, że nauki szczegółowe są przesiąknięte treściami filozoficznymi. Uznaje się także wpływ idei filozoficznych na powstawanie i ewolucję teorii naukowych. Ponadto, wskazuje się na to, że szereg problemów, tradycyjnie określanych jako filozoficzne, jest uwikłanych w teorie empiryczne oraz poddaje się filozoficznej analizie uwarunkowania nauk empirycznych.  Często w pracach autorów podejmujących problematykę z tego zakresu występuje przemieszanie odmiennych typów zagadnień (epistemologii teorii przyrodniczych i przedmiotowego odniesienia do przyrody). Prowadzi to do zacierania różnic miedzy zagadnieniami typowymi dla filozofii przyrody a filozofią przyrodoznawstwa. W tym zakresie program filozofii w nauce nie jest jeszcze precyzyjnie dopracowany.

    6.    Filozofia przyrody jako filozoficzne poznanie przyrody

    Jest to filozoficzne podejście do przyrody, mające na celu poznanie natury i właściwości bytów materialnych w świetle naczelnych zasad myślenia. Nawiązuje ono do tradycji myśli starożytnej, głównie Arystotelesa, a reprezentowane jest przez tomizm. Stoi on na stanowisku, że przyroda rozumiana jako całość rzeczy i procesów istniejących, lub zachodzących niezależnie od człowieka jako ich świadomego obserwatora może i powinna być przedmiotem jego metodycznej refleksji filozoficznej. Jej zainteresowania koncentrują się na przyrodzie ujmowanej w aspekcie bytowości. Mają więc charakter filozoficznych dociekań nad samą przyrodą, a nie nad podstawami i metodami jej poznawczych ujęć. Tak rozumiana filozofia przyrody jest ujmowana w filozofii tomistycznej jako dyscyplina mieszcząca się w ramach najogólniej pojętej filozofii bytu, bądź jako niesprowadzalna do innych nauk, mająca własny język, metody i zadania. Tradycyjne ujmowanie filozofii przyrody zakłada arystotelesowskie pojęcie nauki oraz tradycyjny podział nauk według stopni abstrakcji (abstrakcja fizyczna, matematyczna, metafizyczna). W tradycji tej zaliczano filozofię przyrody do nauk przyrodniczych bądź metafizyki. Natomiast w koncepcji autonomicznej filozofia przyrody różni się zarówno od nauk przyrodniczych jak i metafizyki; pozostaje odrębną dyscyplina filozoficzną. Jednocześnie ujecie autonomiczne zakłada, że możliwa jest taka filozofia przyrody, która uwzględnia współczesne osiągnięcia nauk przyrodniczych oraz obecny stan metodologii nauk.

7.    Filozofia przyrody jako eko-etyka
(„nowa”, „praktyczna” filozofia przyrody)

    Przedmiotem tak rozumianej filozofii przyrody jest przyroda wraz z ludzkimi działaniami nakierowanymi na nią. Działanie to kwalifikuje się bądź aprobująco, bądź dezaprobująco, tworząc w ten sposób normatywne orientacje, kształtujące stosunek człowieka do przyrody. Tego typu refleksja wydaje się potrzebna zwłaszcza w dobie kryzysu ekologicznego. Stąd bierze się zainteresowanie problematyką typową dla filozofii przyrody i podejmowanie takiego określenia przyrody i miejsca w niej człowieka, aby stanowiło to uzasadnienie dla powinności chronienia środowiska naturalnego. Głównym celem „praktycznej filozofii przyrody” jest znalezienie uzasadnień dla konieczności ochrony przyrody. Próbuje się wyprowadzić moralny nakaz ochrony środowiska ze specyficznej koncepcji przyrody, w której przyroda stanowi wartość samą w sobie. W takim ujęciu włącza się w obręb filozofii przyrody świat wartości (norm moralnych), przez co zawęża się zakres badań, gdyż bierze się pod uwagę tylko to, co jest istotne ze względu na relacje między człowiekiem a przyrodą. Dla powyższej koncepcji lepiej używać określenia etyka ekologiczna. Jest to dopiero kształtująca się dyscyplina filozoficzna, ściśle powiązana z filozofią przyrody, antropologią i etyką, która nie stanowi jednak alternatywy dla samej filozofii przyrody.